Hay opiniones encontradas sobre hechos ocurridos en los albores de Cirueña; así, Moret presume –en sus “Anales de Navarra”- que en la batalla librada en su término en el año 960 entre las huestes del rey de Pamplona García Sánchez IV y las de conde castellano Fernán González, resultó prisionero este último, al ser derrotadas sus fuerzas. Sin embargo otros historiadores pretenden, basándose en la “Crónica” de Alfonso X el Sabio, que el resultado de la contienda fue el contrario, siendo aprisionado el monarca.
Poseyó Cirueña el contrato agrario colectivo más antiguo de La Rioja, al otorgárselo Sancho II Abarca, el 30 de noviembre de 972, fecha en que donó la localidad al Monasterio de Santa María, San Miguel y San Andrés que había ordenado levantar en el término. Regulaba su texto minuciosamente aspectos tales como las prestaciones que habían de hacer los vecinos, sus obligaciones tributarias con el monasterio, el esquema de autoridades de la aldea (abogado, merino, juez y sayón), las sanciones, los derechos…
En el año 1052, al fundar el Rey García el Monasterio de Santa María de Nájera, le otorgó entre otros bienes Cirueña “con todas sus pertenencias”. En el siglo XII, su iglesia fue objeto de diferentes pleitos entre el Obispado de Calahorra y el Monasterio de Santa María de Nájera, quedando por fin en propiedad del monasterio tras el arbitraje efectuado por el rey Alfonso VIII.
En el siglo XIV llegó a despoblarse Cirueña, al haber sido objeto su vecindario de repetidos desafueros. Tras acudir al prior de Santa María de Nájera seis vecinos para explicar los motivos del abandono y su voluntad de repoblarla a cambio de ciertas garantías, el 22 de noviembre de 1387 les permitió el prior –del que los nuevos colonos se habían declarado vasallos- regresar a la villa, y les eximió del pago de tributos por un plazo de diez años.
Pueblo con real jurisdicción –derecho adquirido en 1658- formó parte de la provincia de Burgos hasta la creación de la de Logroño por Real Decreto de 30 de noviembre de 1833.
